Aucunement, tu peux sans problème scier de la fibre de bois dans l'épaisseur.
Je l'ai fait il y a quelques semaines pour réaliser un joint entre paille et bois,
j'ai donc scier à la circulaire des bandes en 40 d'épaisseur et les panneaux se tiennent très bien.
Par contre, c'était pour des bandes 15 cm de large, pour scier des panneaux entiers, ce ne sera pas très facile.
Vu la compressibilité de la fibre de bois, je te conseillerais de garder du 40 d'épaisseur, elle se comprimera d'elle-même en mettant la paille.
Sinon, tu aurais pu dimensionner tes poutres en I de sorte que tes bottes de paille passent sous la membrure haute.
Une autre solution, retailler un peu les bottes pour qu'elles s'encastrent dans les membrures hautes, comme ça tu ne sera pas obligé d'acheter de la fibre de bois, qui est certes un très bon produit mais qui reste manufacturé et cher...quand on peut s'en passé