J'ai repensé à ça après et il faudrait aussi faire un (ou plusieurs) percement du mortier pour voir l'état de la paille en dessous, et être certain que l'humidité ne l'a pas endommagée.
Oui il faudra remettre le pare-vapeur après séchage.
Pour combler le vie, je conseillerai d'éviter le mortier sinon on repart pour un tour avec de l'eau à évacuer... le plus simple c'est de mettre juste un isolant en vrac (paille, copeaux, peu importe). Mais de toute façon, il ne faudra le mettre qu'au dernier moment, après séchage, juste avant de remettre le pare-vapeur.